Instytut Kształcenia Nauczycieli został powołany jak wspomniałem wcześniej rozporządzeniem Rady Ministrów jako samodzielna placówka naukowo-dydaktyczna. Instytut Kształcenia Nauczycieli funkcjonuje na podstawie ustawy o szkolnictwie wyższym, ma pełne uprawnienia placówki typu uczelnianego oraz zatrudnia pracowników na statusie nauczycieli akademickich i pracowników naukowo-badawczych. Struktura organizacyjna IKN odpowiada jego statutowym funkcjom. Podstawowymi jednostkami pracy dydaktycznej i naukowej Instytutu są zakłady. Instytut posiada łącznie 12 zakładów: Zakład Kształcenia Nauczycieli Przedmiotów Humanistycznych, Zakład Kształcenia Nauczycieli Języków Obcych, Zakład Kształcenia Nauczycieli Matematyki, Zakład Kształcenia Nauczycieli Przedmiotów Przyrodniczych, Zakład Kształcenia Nauczycieli Przedmiotów Zawodowych i Wychowania Technicznego, Zakład Kształcenia Nauczycieli Przedszkoli, Zakład Kształcenia Nauczycieli Szkół Specjalnych, Zakład Kształcenia Kadr Kierowniczych, Zakład Nowoczesnych Technik Kształcenia i Doskonalenia Nauczycieli, Zakład Badań nad Zawodem Nauczycielskim, Zakład Kształcenia Pedagogicznego Nauczycieli, Zakład Informacji Naukowej i Wydawnictw.
Oprócz tych podstawowych jednostek organizacyjnych działają jako wyodrębnione jednostki: Dział Organizacji Kształcenia i Doskonalenia Nauczycieli oraz Biblioteka Główna.